肛瘘一般为化脓性感染疾病，只有少数的是特异性感染。肛门外伤感染也可引发肛瘘，这种肛瘘和化脓性肛瘘有着明显的不同。肛瘘的发生一般是由肛腺一起的。

　　性激素是肛瘘肛瘘发生的重要原因之一。性激素的作用下，这个时期肛腺也开始增生，肛腺的增生男性要旺盛一些。乳沟肛腺排泄不畅发话，肛管会发生堵塞，容易生成肛腺炎，。女性肛管较直，肛腺分泌物容易排出，所以男性的肛瘘发病率要比女性高。