到目前为止，肛管直肠癌的发病原因尚不明确，但认为主要与下列因素有关。

　　一、慢性炎症的刺激。长期的慢性炎症可能是引起肛管直肠癌的要素。如慢性细菌感染、阿米巴痢疾、慢性非特异性结肠炎、憩室炎等，使得粘膜发生肉芽肿、炎性变和假息肉阶段而发生癌变。

　　二、良性肿瘤恶变。直肠家族性息肉病、直肠腺瘤、乳头状瘤等，在一定条件下，也可导致恶性病变。

　　三、饮食因素。高脂肪、高蛋白、低纤维素的饮食与直肠癌发病有关。这是因为高脂肪食物可使胆汁分泌增多，促进肠道细菌生长，而胆醇、胆盐在厌氧菌作用下，形成不饱和胆固醇，如脱氧胆酸和石胆酸增加，这二种致癌物数量增加，促进直肠癌发病。同时，食物纤维摄入过少，使肠蠕动变慢，粪便及其他废物在肠道滞留过久，刺激肠粘膜，致使直肠癌发生。

　　四、家族遗传因素。基因改变的传递可表现于家族性。