治疗肛隐窝炎可以肛门内塞入肛泰栓、九华栓或麝香痔疮栓，每次1~2枚便后塞肛，每天1~2次，还可以应用太宁栓，塞入肛门内，在体温的作用下融化，可以起到抗炎的作用。如果肛隐窝炎患者局部出现感染，形成脓肿，还应当积极地行手术治疗，可以应用有效抗生素，控制局部炎症。

　　根据感染细菌的不同种类，给予相应的药物，必要时可以做药敏试验。选用的药物一般有甲硝唑、庆大霉素等。另外还可以应用红外线、微波、小功率激光等进行局部照射，抑制细菌的生长，促进血液循环。