肛瘘的主要危害首先就是会引起肛门局部的红肿和疼痛，感染严重的还可以引起发热等全身的感染表现。另外，肛瘘的外口会反复的流脓和流水，可以刺激肛门周围的皮肤出现潮湿、瘙痒、异物感，严重的还可能会导致肛门湿疹的情况。

　　另外，可能会使肛管直肠里的粪水发生外溢，引起肛门局部异味的情况。肛瘘如果治疗不及时，可能会有低位的肛瘘发展成高位的肛瘘，由简单的肛瘘发展成复杂性的肛瘘，会导致肛门周围括约肌的进一步的损伤，严重的会影响到肛门作为肌肉的功能，出现肛门不完全性失禁的情况。肛瘘在诊断明确以后，一定要及时的进行手术治疗。