肛瘘不治疗，容易反复的出现临床症状，外口可能会反复溃破流脓，严重的还可能会发生癌变的情况。肛瘘不进行治疗，无法自愈，容易反复出现临床症状，甚至是引起肛门失禁的情况。

　　肛瘘在诊断明确以后，只要是患者可以耐受手术的，要及早的通过手术的方法进行治疗。高位的肛瘘复杂性的肛瘘，可以采用挂线的手术方式，可以最大程度上保护肛门括约肌的功能，保持手术创面引流的通畅，减少术后肛门失禁以及复发的情况。如果是低位的肛瘘，简单的肛瘘，可以在麻醉的状态下直接切除原发的感染裂口，肛瘘的管道部分以及肛瘘的外口。