肛瘘的主要症状就是肛瘘外口的部分会反复的流脓、流水，可以持续的流脓、流水，也可以间断性的流脓、流水。另外流出的粪水可以刺激肛门周围的皮肤出现潮湿、瘙痒、刺痛，出现肛门周围的异味，甚至是发生肛周湿疹的情况，还有一部分瘘管管道较粗的，会有粪便的残渣以及气体的排出。

　　另外肛瘘还可能会导致肛门周围的疼痛，特别是引流欠通畅，局部再次出现闭合的情况下，如果有感染，会表现为胀痛或者是跳痛的情况。另外肛门的局部在按压时会有明显的疼痛，外口会有脓性分泌物溢出，肛瘘感染严重的可以导致发热等全身的感染表现。