引起肛门失禁的原因比较多，可能是肛管直肠结肠疾病，最多见为直肠肿瘤及炎症性疾病，直肠肿瘤浸润破坏括约肌，溃疡性结肠炎，克隆病引起直肠炎症，长期腹泻，完全性直肠脱垂引起肛门松弛，阴部神经牵拉受损等，都会导致患者肛门失禁。

　　创伤也会导致这个情况，主要是括约肌受损。肛管直肠部手术和产伤，尤其是高位肛瘘手术破坏肛管直肠和括约肌，产伤第三度会阴撕裂。此外内痔、肛裂、直肠脱垂、直肠肿瘤等手术处理不当，或肛管部组织遭受外来暴力药物注射、灼伤、冻伤等均可引起肛门失禁；中枢神经系统疾病，脊柱裂，脊髓脊膜膨出，脊髓及骶神经受损，感染和脊髓瘤；肛门直肠先天畸形和肛门直肠神经障碍也都可导致肛门失禁。