肛乳头肥大有时会导致疼痛。如果肥大的肛乳头脱出肛门后能够自行还纳，表现为肛门直肠烧灼痛、刺痛。排便时因粪便压迫肛隐窝，可使肛门部疼痛加剧。早期疼痛不是特别的剧烈，数分钟内可以消失。如果肛门内括约肌由于炎症刺激而引起痉挛性的收缩，可使疼痛逐渐加剧，会出现短时间内阵发性的刺痛，或疼痛持续数小时，疼痛严重者还会波及臀部以及骨后部。肥大的肛乳头如果脱出肛门，不能自行还纳，肿胀，淤血形成血栓，这种会表现为疼痛的症状非常的剧烈。如果出现血运障碍，还会导致坏死，进一步加重疼痛。