一般认为肛瘘是肛门直肠周围脓肿的后遗症，而肛门直肠周围脓肿主要是因肛门腺感染引起，所以引起肛瘘形成的原因有细菌感染，由于肛管直肠部位是排污的重要通道，细菌非常容易侵入肛隐窝、肛门腺导管和肛门腺体造成感染发病，逐渐形成脓肿破溃而为肛瘘。肛周脓肿是导致肛瘘的主要因素之一，由于粪便滞留肛隐窝引起肛腺炎，导致肛周脓肿患者常不予重视。

　　肛周脓肿破溃后脓液排出，脓腔逐渐缩小，外部破溃口和切口也缩小，腔壁形成结缔组织增生等坚硬管道壁即成瘘管，肛瘘由此形成。同时结核杆菌放线菌感染形成的脓肿，这些容易形成难以治愈。而形成特殊性肛瘘，再加上直肠肛门损伤，外伤以及来自消化道的骨性异物，金属钢表及肛门窥器检查损伤肛管直肠细菌侵入伤口，即可引起肛周脓肿，不及时治疗都可能会导致肛瘘。