系统性红斑狼疮最严重的并发症，是会出现重要的内脏器官的受累，最常见的是会出现狼疮肾炎，患者主要以全身浮肿、蛋白尿、血尿之类的为临床表现。随着病程的进展，有些患者会出现肌酐的明显升高，最终会导致尿毒症而威胁到患者生命。

　　同时对于系统性红斑狼疮的患者来说，还会出现严重的血液系统受累的并发症，患者表现为三系减少，也就是白细胞、红细胞以及血小板的减少。严重的系统性红斑狼疮的患者还会出现心肌受累，患者以胸闷、胸痛、活动后气喘为主要的临床症状。当然系统性红斑狼疮因为是一种全身系统受累的疾病，它也有可能会出现狼疮脑病，患者以偏瘫、脑梗为主要的并发症。