卵巢囊肿的发病原因尚不明确，但环境和内分泌影响在卵巢囊肿致病因素中最为突出。特别是一些不健康的生活习惯：
1、饮食结构不良。长期的饮食结构不良会导致女性体质酸化，身体免疫力下降，促使卵巢囊肿的形成。
2、精神因素。女性长期处于抑郁的精神条件下，容易导致神经系统调节卵巢的功能下降，最终导致卵巢囊肿的形成。
3、吸烟、喝酒等不良嗜好。烟酒当中含有损害女性卵巢健康的物质，会促使卵巢组织病变，导致卵巢囊肿的形成。
4、身体着凉和使用不合格的卫生巾，身体受凉会导致五脏和内分泌失调，严重的会引起子宫收缩，卵巢变异受压，而有些卫生巾没有按照国家的标准规格生产，表面透露出的细小碎屑，通过阴部进入卵巢，导致囊肿。
5、肥胖，在卵巢多囊症的患者中，30％～50％是肥胖女性。肥胖会加重雄激素的水平，增大患病可能，故需注意合理饮食。
生育年龄的妇女最轻易发生的卵巢囊肿的病因是卵巢的功能性囊肿，卵巢囊肿的病因是由于卵巢本身或药物刺激造成的过度生理性反应所致。长期的饮食结构，生活习惯不好、心理压力过大等因素造成体质过度酸化，人体整体的性能下降，进而引起下焦代谢循环变慢，造成卵巢疾病和内分泌失调，免疫功能下降，从而发展为卵巢组织异常增生，终致卵巢囊肿的病因。