一般直径大于5cm的囊肿是需要进行手术治疗的，而小于5cm的囊肿考虑是生理性的，需每3个月进行B超复查，大部分囊肿是可以自行缩小或者是消失的，但是也有可能会在另一侧的卵巢或是同侧卵巢再次生长出来。直径大于5cm的囊肿如果是纯囊性的其实危害不是很大的，主要是担心能够发生破裂、感染或是扭转等的并发症，所以一般是建议患者进行手术治疗的。
卵巢囊肿的手术方法现在分为微创、无创及开腹手术，一般前两个是对患者身体伤害较小的，但是如果病情复杂的话，就需要进行开腹手术了，尤其是囊肿破裂的话，需要开腹清除脓液及周围粘连的组织，以免会导致术后出现后遗症等。