一、生理影响。由于许多先天性无阴道的女性都无法进行简单的性生活，这对女性的生活以及感情都会造成很大的影响，有些女性是因为内分泌的因素导致，由于内分泌对于女性来说是很重要的，所以，一旦内分泌发生紊乱就会造成女性平时体征也发生一些变化。
二、心理危害。有许多女性因为出现了女性出现先天性无阴道或阴道异常的情况，就会在心理上给自己造成非常大的压力，甚至这种压力会在无形之中影响到双方的感情状况，尤其一些年轻的女性对自己发生这样的情况会比较在意，就会产生很大的心理压力。
三、引起腹痛。由于先天性无阴道或阴道异常的女性都有可能会因为自己的生理周期中，月经长时间憋在腹腔或者宫腔内难以排出，每当月经初潮的头几天就会出现周期性的腹痛现象，当进行肛诊时，医生可触及因积血所形成的囊性包块。