由于本病的病理改变和临床表现较为复杂，因而常易与急性乳腺炎，乳腺囊性增生病，特别是导管内乳头状瘤，乳腺癌相混淆，文献报道本病术前临床误诊率高达67.4%，其中误诊为乳腺癌的占16.5%，因误诊为乳腺癌而误行乳腺根治术者也为数不少，由此可见本病的鉴别诊断的重点应放在乳腺癌上。
1.乳腺癌 其与乳腺导管扩张症的鉴别可归纳为以下几点。
（1）乳腺癌起病缓慢，常在无意中发现乳内肿块，肿块发现之前不伴炎症表现，而乳腺导管扩张症在肿块出现之前，常有局部炎症表现，并由急性转为慢性的过程。
（2）乳腺癌的肿块多位于乳腺外上，内上象限，而乳腺导管扩张症的肿块多位于乳晕下，乳腺癌的肿块，常是由小变大不断发展增大的过程，由乳腺导管扩张症的肿块，可由肿大变为缩小和反复发作的过程。
（3）乳腺癌的肿块常在晚期才与皮肤粘连，出现“橘皮样”改变和乳头凹陷，而乳腺导管扩张症的肿块早期即与皮肤粘连并出现乳头凹陷。
（4）乳腺癌的腋下淋巴结，常随癌症的病程进展而肿大且质硬，彼此粘连融合成团，而乳腺导管扩张症在早期即可出现腋窝淋巴结肿大，且质软，有压痛，随着局部炎症的消散，淋巴结可由大变小甚至消失。
（5）乳腺X线导管造影，在乳腺癌时见导管有增生及破坏，管壁有中断，失去连续性，而乳腺导管扩张症时，则见导管扩张增粗，管壁光滑，完整，延续，无中断及破坏。
（6）肿块针吸细胞学检查，乳腺癌常可找到癌细胞，而在乳腺导管扩张症时肿物针吸及乳头溢液涂片，常可找到坏死物，脓细胞，浆细胞，淋巴细胞，泡沫细胞等。
临床鉴别诊断还有困难时，可行术前活检或术中冰冻切片检查，以便确诊。
2.导管内乳头状瘤：导管内乳头状瘤与乳腺导管扩张症都有乳头溢液，前者常为血性，浆液血性或浆液性，一般仅累及一支导管，按压乳晕区某一“压液点”时乳头才有溢液，而后者的溢液则多为浆液性，少见血性，浆液血性，常累及多个导管呈多管溢液，按压乳腺几个不同部位均能使乳头溢液，乳腺X线导管造影：导管内乳头状瘤表现为大导管内有圆形或卵圆形充盈缺损，多为单发也可多发，可引起导管不完全阻塞或中断，近侧导管扩张，而乳腺导管扩张症时，常表现为多个大，中导管扩张，少数可呈囊状扩张，扩张的导管常迂曲走行，呈蚯蚓状，根据以上所见，常能鉴别诊断。
3.乳腺结核：乳腺结核在乳腺内可表现为结节性肿块，质硬，边界不清，活动较差，病程较长，常形成经久不愈的瘘管，从瘘管中流出干酪样坏死物，瘘管分泌物涂片，若发现抗酸杆菌可确诊，乳腺导管扩张症在脓肿形成后亦可溃破形成瘘管，从瘘管中流出脓性物，涂片检查有脓细胞坏死物，浆细胞，淋巴细胞，若诊断有困难时，可将肿物切除行病理活检确诊。