典型的乳头状瘤与尖锐湿疣在临床上有时难以区别。尚应与外阴扁平湿疣、早期外阴癌进行鉴别。
1.外阴扁平湿疣
外阴扁平湿疣为二期梅毒疹，发生于生殖器和肛门等处。一般有三种，即单纯性、溃疡性和肥大性。起初损害为集簇性红色柔软、扁平的丘疹。由于某些刺激后，扁平丘疹可呈灰褐色，呈丘疹或结节状，多发生于阴唇和会阴，容易破溃。分泌物可找到苍白密螺旋体。梅毒血清反应阳性。
2.早期外阴癌
外阴癌是外阴的恶性肿瘤，发生率约为全身恶性肿瘤的1%，占女性生殖道恶性肿瘤的5%。其中以原发性鳞状上皮癌为主，继发性恶性肿瘤少见。常发生在大阴唇，其次是小阴唇、阴道前庭及阴蒂等处。首先出现局部结节或肿块，并逐渐增大、坏死、破溃及感染，分泌物增多，伴有瘙痒疼痛感。肿物可呈乳头状或菜花样，有疼痛、瘙痒症状，易形成溃疡，生长迅速。并可迅速扩大，累及肛门、直肠和膀胱等。病理检查可确诊，绝大多数为鳞状细胞癌。