阴道横隔有无临床症状出现首先取决于横隔上有无小孔，其次为位置的高低。厚度亦有很大差别，有的很薄，似纸，有的则较厚（1～1.5cm）。两层粘膜组织中间的间质内可含丰富的胶原纤维及平滑肌，偶可混有中肾样组织成分。完全性阴道横隔少见，多数在横隔中央有一小孔，有时只能通过细探针，经血可以外流则无症状发生，直到婚后因性交困难或分娩时胎头梗姐而发现。
如无孔，则一旦初潮后经血潴留就出现症状。在检查发现阴道横隔时，首先要注意隔上（常在中央部位）有无小孔，有孔隙者可用探针插孔内，探查小孔上方阴道的宽度及深度以明诊断。不完全阴道性横隔多见，多无临床症状而被忽略，常因偶然或因其他疾病检查时不能窥视宫颈或产时胎先露下降受阻行阴道检查而诊断。一般表现为经血引流畅，且横隔位置高不影响性生活。