1、不孕。从不孕的角度看最重要的是确定早闭经的程度，以便诱发排卵，使其妊娠。第一度闭经一部分病人可出现排卵周期。第二度闭经体内雌激素水平很低，子宫内膜无增殖性变化，卵泡基本不发育。
2、骨质疏松和高血压等病。闭经危害出现一系列的更年期症状不说，绝经后妇女会骨质疏松，由于胆固醇、甘油三脂和低密度脂蛋白升高，还易导致动脉硬化、冠心病和高血压的发生。
3、加速衰老。对于因卵巢早衰引起的早闭经，会加速女性衰老，引起骨质疏松、心脑血管疾病、尿频、尿痛、睡眠质量下降、性生活不和谐等。而盲目节食引起的育龄女性闭经，不但会导致内分泌失常，还会使生殖器官发生萎缩，影响到生育功能。
4、性欲减退。早闭经是一种妇科病的症状，但对身体有不良影响的则是引起闭经的原发疾病，如生殖器官发育不全、肿瘤、畸形等。这些原发疾病导致的危害是不容忽视的，可能造成子宫萎缩或生理功能不足，如分泌物减少、性交疼痛、性欲减退以及不孕不育症等。