导致免疫性不孕的原因很多，例如男性的精子、精浆，女性的卵子、受精卵等都具有一定的抗原性而引起免疫反应，导致不孕。
1、精子免疫：精子有大量特异性表达的精子抗原，可以引起男性的自身免疫反应，也可以引起女性的同种免疫反应。
①自身免疫：由于睾丸局部血睾屏障的存在，睾丸是人体的免疫豁免器官之一。因此任何原因的血睾屏障的破坏如输精管损伤、睾丸附睾炎症等都将导致精子的特异性抗原接触循环系统的免疫细胞产生抗精子抗体，结合于精子膜表面的抗精子抗体可引起精子的凝集现象，并影响精子的运动和受精功能。
②同种免疫：宫颈上皮细胞能产生分泌型IgA、IgG和极少量的IgM，当女性生殖道黏膜炎症破损或精浆中的免疫抑制物受到破坏时，精子和精浆中的抗原物质会引起女方的同种免疫反应，宫颈上皮细胞产生致敏的分泌型IgA、IgC与精子结合后被覆在精子表面，使精子制动，难以进入宫腔;而IgG可起补体固定作用，发挥直接细胞毒作用，使精子发生凝集。
2、女性体液免疫异常：女性体内可产生抗透明带抗体，改变透明带的性状或组织受精乃至植入过程，从而导致不孕。抗心磷脂抗体可引起种植部位小血管内血栓形成，导致胚胎种植失败。
3、子宫内膜局部细胞免疫异常：子宫内膜局部存在大量的免疫细胞，它们在胚胎种植中发挥帮助绒毛实现免疫逃逸和绒毛周围组织的溶细胞作用，有利于胚胎种植。因此，子宫内膜局部的免疫细胞的功能异常都可能导致种植失败和不孕。