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手足口病在临床上根据患儿典型的临床症状，如发热，手、口、足、臀部出现疱疹等，结合流行病学史可作出临床诊断。
进一步确诊需要实验室检查，常见的有两种方法，第一种是核酸检测，从患儿口腔取咽拭子做核酸检测，或者粪便做核酸检测，可明确病毒的类型，进而确诊。第二种是抗体检测，手足口常见病毒的抗体在恢复期有4倍升高，可明确诊断。
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