HSV侵入粘膜或破损的皮肤，约经1~26天（平均5~7天）的潜伏期，便在入侵部位产生红斑，丘疹及水疱性损害。
早期损害通常是一群或数群红色刺激性或疼痛性斑丘疹，直径3~5毫米，约24~36小时之后会发展成小水疱，疱液清晰，5~6天后，成群的小水疱顶端露以灰色痂，疱液变黄，继之水疱破溃，形成小灶性疼痛性浅表溃疡。
溃疡灶底部呈浅黄色，周围可有红晕。有时小灶性溃疡可融合成片，形成大面积溃疡给诊断带来困难。虽然原发性生殖器疱疹会反复发作，但若无并发症，几乎所有的皮肤粘膜损害都会在2~3周内消退。痊愈后3周找不到病毒。85％的患者在21天内产生病毒抗体。
HSV原发感染产生免疫力后，将大部分病毒清除，部分病毒可沿神经髓鞘到达三叉神经节（HSV—1）和脊神经节（HSV—2）细胞中或周围星形神经胶质细胞内，以潜伏状态长期持续存在，与机体处于相对平衡，不引起临床症状。
此时不可检测出病毒。不同亚型HSV感染者急性首发生殖器疱疹的临床过程相似，但生殖器病变复发率不同，首发生殖器疱疹HSV-2感染者约90%，在12个月内会出现一次复发（平均复发4次），而初次感染HSV-1者仅50%出现类似复发（平均复发次数小于1）。
不同个体及同一病人一生中生殖器HSV-2感染的复发率变化很大，大多数年复发5-9次，一般在原发疱疹消退后1-6个月内发生，有些患者受到促发因素，如发热、月经、日晒、寒冷、某些病毒感染等的影响而复发，其特点是每次复发往往发生在同一部位，复发前可有前驱症状如局部瘙痒，发疹前数小时感染部位有灼烧，麻刺感。