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黄体萎缩不全多由于孕酮分泌量不足、分泌时间却延长，所以黄体功能持续过久，黄体不能按期萎缩退化或不完全退化，仍持续分泌少量的孕激素，使得子宫内膜不能按正常的时间剥落。黄体萎缩不全可能与垂体分泌的LH、FSH不足或垂体催乳素分泌过多、过少有关。
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