对于新生儿血管瘤，目前大多数学者认为人体胚胎发育过程中，特别是在早期血管性组织分化阶段，由于其控制基因段出现小范围错构，而导致其特定部位组织分化异常，并发展成血管瘤。这种情况一般都发生于刚出生的婴儿，也可以说这些血管瘤的出现是先天性发育异常。
如果孕妇在怀孕的过程中长期接受某些化学物质，如油漆、石油产品以及溶剂、农药等，以及接触化学物质及物理因子，如电磁，离子辐射等，会使胎儿在正常发育过程中的血管畸形生长和发育，从而使孩子发生血管瘤的几率大大增加。
并且发现怀孕前服用避孕药的母亲的孩子血管瘤发生率明显增高，母亲雌激素水平与孩子血管瘤发生率呈正相关关系，即母亲雌激素水平高的孩子血管瘤发生机会也多。所以孕妇的饮食、情绪、疾病、药物因素导致雌激素水平过高，也会导致胎儿先天性发育异常，造成出生后新生儿血管瘤。