支原体肺炎和衣原体肺炎最主要的区别，是引起肺炎的病原体不同，支原体肺炎是由肺炎支原体感染引起的，而衣原体肺炎是由衣原体感染所引起。在临床表现、影像学检查和治疗方面并无太大的区别，都会有不同程度的发热、咳嗽、咳痰、头痛、肌肉疼痛、乏力等症状，临床表现因人而异。

　　非要说区别，那就是支原体肺炎的患者咳嗽会重一些，初期刺激性干咳，随后可出现咳痰，发热可持续2-3周，体温恢复正常后可能仍有咳嗽，再者支原体肺炎通常起病比较缓慢，有些衣原体肺炎起病要比较急一些。