肛瘘的临床表现为流脓，疼痛，肛门潮湿，或伴有肛门瘙痒的症状。肛瘘的症状以局部症状为主，肛瘘是由于肛门直肠周围的脓肿发生了破溃或者是切口引流之后遗留下来的病变，瘘口流脓是其典型的表现，可以呈周期性的发作，如果瘘管通向直肠内，还有可能会露出大便，在局部多会有肿块，可以触及到索条样的硬块，并且有轻度的压痛。

　　一般局部肿痛并不是很明显，在管腔引流不畅时可能会出现明显的胀痛，脓液流出后疼痛会缓解，由于脓液的局部刺激，会有局部周围皮肤的瘙痒或湿疹症状的出现。如果肛瘘病情严重，继发了感染，可能会出现发热等全身性症状。