舌咽神经疼的发生和颈椎病之间没有任何的关联。舌咽神经是产生于延髓的舌咽神经核，经颅底到达咽喉部，这一过程跟颈椎没有产生任何的相关性。

　　舌咽神经疼的机制有两个方面，一种是舌咽神经核所在的脑组织区域发生病变，比如说出血、梗塞、炎症或者肿瘤，对舌咽神经产生一定的刺激。第二是舌咽神经在它的走形的区域当中，尤其是神经根的区域当中，受到其他组织的压迫，比如说受到其他周围的血管，周围的神经和周围肌肉的压迫，而导致了神经纤维的脱髓鞘，一旦脱髓鞘之后，中央的轴索部分就变成裸露状态。裸露的轴索之间一旦缺乏这种绝缘的机制，就会产生轴索和轴索之间的生物电的短路，引起过度的放电，这种放电就可以导致发作性的舌咽神经疼痛。因此舌咽神经痛还是跟舌咽神经本身有关系，而和颈椎病的之间没有必然的联系。