舌咽神经痛主要是各种各样的原因导致的，舌咽神经纤维的脱髓鞘，脱髓鞘以后的舌咽神经，它的轴索锁就没有生物的绝缘的机制，会产生轴索和轴索之间的生物学短路。舌咽神经的电生理活动，电生理放电会明显的增强，而出现发作性的疼痛。

　　治疗分对因治疗和对症治疗，对因治疗就是通过手术来解除导致使舌咽神经脱髓鞘的原因，最常见的原因就是周围的神经、周围的血管或者肌肉组织压迫了舌咽神经。通过手术特别是分离术来解除这种压迫，舌咽神经疼就可以得到缓解。

　　第二是对症治疗，对于一些病因不明的，或者是明确病因但无法诊治的舌咽神经痛，就可以采取对症治疗，主要是用各种抗癫痫药来抑制神经的电生理活动。常见的药物像卡马西平、奥卡西平、丙戊酸钠、拉莫三嗪一系列药物，都对舌咽神经痛的发作或多或少有一定的阻止作用，还有可以服用一些神经修复剂，比如说像维生素b1、 b12、硫辛酸，这些药物可能对舌咽神经疼的恢复，或多或少的提供一定的帮助。