舌咽神经疼在大部分情况下，是因为其他的组织如肌肉、血管或其他的神经，压迫到舌咽神经根，造成舌咽神经根的神经纤维脱髓鞘，待脱髓鞘之后，神经和神经纤维之间就缺乏了必要的生理性绝缘。作为神经中央的轴索之间就会产生相互的接触和相互的电生理的短路，出现了舌咽神经过度的放电，高频的放电这么一种过度的电生理活动状态，从而产生舌咽神经疼。

　　个别情况下舌咽神经疼，可能是某些药物的影响，或者是某些肿瘤的压迫所导致的。在大部分情况下，舌咽神经疼都是因为脱髓鞘导致电生理紊乱，而产生的这么一种症状。发病的诱因，像吞咽、说话、颈部受凉和颈部的过度运动，都可以导致舌咽神经疼的发作。因此舌咽神经疼的发作一方面分病因，另一方面分原因，这一点需要根据不同的人加以分析才能够明确。