舌咽神经痛治疗分对因治疗和对症治疗。舌咽神经痛的原因大体上的原因主要是两个，一个是舌咽神经根受到其他组织的压迫，比如说其他的血管，其他的神经和周围的脂肪和肌肉的压迫，产生了脱髓鞘，引起了是中央轴索的之间的相互短路，使生物电活动明显增加而产生发作性的疼痛。

　　对因治疗就是通过手术的方法来解除舌咽神经受到的这种压迫，叫舌咽神经的分离术。还有一种情况，如果说病因无法去除，药物效果又不好，或者说药物无法耐受，就通过手术的方法切断舌咽神经或者阻滞舌咽神经，而使疼痛症状消失，改善患者的生存质量，但是又会带来其他的一些障碍，比如说舌咽部的感觉障碍，舌咽部的吞咽障碍等一系列并发症，所以目前已经很少轻易采用。

　　第二大类的方法就是对症治疗，对症治疗主要就是止痛。根据舌咽神经痛的发病的机制，主要采取的对症药物就是阻断舌咽神经过度的电生理活动，用的药物主要是抗癫痫药物，像卡马西平、奥卡西平、丙戊酸钠等这些药物，起到控制疼痛，改善生活质量的作用。