小便时尿道刺痛可能是尿道炎、尿道结石等因素所导致。如果患有急性尿道炎，可能会对尿道黏膜造成损伤。排尿时，尿液会对损伤的黏膜造成刺激，就会引起尿道刺痛，可能还伴有血尿、尿频、尿急等症状。要就医进行尿常规检测，会发现白细胞与红细胞数目都增高。然后使用抗生素类药物进行治疗，比如阿莫西林、头孢地尼，防止感染持续加重。

　　如果男性存在尿道结石，结石会对尿道造成刺激和损伤，也会引起尿道刺痛，可能还伴有血尿、排尿困难，严重时会引起尿潴留。可通过泌尿系统B超检查明确诊断，确诊后需要及时的进行排石治疗，结石排出体外后，尿道刺痛的症状会逐渐消失。