卵巢囊肿的病因根据卵巢囊肿的分类不同，病因不同，主要有以下几个方面：

　　其一、对于卵巢生理性的囊肿，如黄体囊肿往往和女性的内分泌的一个周期是相关的，和月经周期相关，往往在月经期前会出现在月经后会消失。

　　其二、对于子宫内膜样囊肿，俗称的巧克力囊肿，它和子宫内膜异位病灶，卵巢上的子宫内膜异位病灶是密切相关的，它是由子宫内膜异位病灶引起。

　　其三、卵巢的交界性肿瘤和恶性肿瘤的发生是来源于卵巢上皮细胞的一个恶变，进而发生了肿瘤。所以卵巢的囊肿的病因根据它的分类不同，它往往有不同的原因。