巧克力囊肿会影响患者受孕，严格的说是子宫内膜异位症、盆腔子宫内膜异位症，会影响患者受孕。患者在发生巧克力囊肿的同时，往往会合并盆腔子宫内膜异位症。这些盆腔子宫内膜异位的病灶可能会影响输卵管的结构，影响输卵管的伞端的输卵和输卵管对卵细胞的运送和受精卵的运送，也会影响患者的受孕和妊娠。

　　盆腔子宫内膜异位病灶还会分泌很多的炎性因子，干扰卵巢的排卵，所以卵巢的子宫内膜异位囊肿就是巧克力囊肿，在一定程度上会导致患者的不孕。