医学上较少提到治疗肠上皮化生，但需要关注的是病理结果。

　　肠上皮化生大多继发于慢性炎症的基础上，所以我们首先要把炎症治好，平时也要注意不要让你的胃长期处于慢性炎症状态。如果有幽门螺杆菌感染，必须积极根除。要养成良好的生活习惯，比如不要吃刺激性食物和不新鲜的食物、不要饥饱无常等等。

　　但是专门针对肠上皮化生的药物目前没有，西药可以用一些保护胃粘膜的药，比如施维舒、麦滋林等，如果有胆汁反流的患者可以选择达喜。

　　在这一方面，中医药治疗还是有一定的优势，治疗原则和方法都与萎缩性胃炎类似，所以常常在治疗萎缩性胃炎的同时，也能针对肠上皮化生有疗效。据报道，摩罗丹联合羔羊胃提取物维生素B12对肠化逆转效果比较好。