霉菌性食道炎常与口咽部念珠菌病或肢体霉菌感染并存，治疗用药通常需联合应用抗真菌药。如制霉菌素加氟康唑2- 4周治疗，个别病人需要六周治疗。

　　由于霉菌性食管炎患者大多为慢性疾病病人，长期应用过程中可能会出现胃肠道反应或肝肾损害症状。为了避免抗真菌药物的副作用，一经胃镜发现，可以立即喷洒一种药物。通过表面杀菌作用，可以有效去除食管粘膜表面感染的真菌，并且没有抗真菌药物引起的副作用，局部治疗效果明显。