巧克力囊肿会癌变，但是概率非常低。大概是在五万分之一到十万分之一左右。这种情况，非常少见。所以我们在对卵巢巧克力囊肿这些病的随访过程中，如果是它的症状持续性的加重，药物治疗无效，手术效果也不是特别好的情况下。我们一定要警惕恶性病变的可能。