自觉肛门部不适，排便时因粪便刺激，可感觉肛内疼痛，一般不甚剧烈，数分钟消失。如果炎症波及括约肌可使疼痛加剧，肛管常在夜间出现阵发性窘迫感。如果为急性期，则疼痛较为明显，常伴有便秘，粪便表面常带少许黏液，此种黏液常在粪便排出前流出，有时混有血丝。如果并发肛乳头肥大，可脱出肛外，导致肛门潮湿瘙痒。

　　肛窦炎可分为急性期和慢性期。急性期发病较快，肛管灼热、坠胀、疼痛、排便时加重；慢性期以肛内坠胀，时轻时重为特点，伴有肛管及会阴部不适、肛缘潮湿，排便时有肛门短暂的微痛或不适，病程较长。