孕酮低的病因目前不明确。正常黄体功能维持有赖于丘脑－垂体－卵巢性腺轴这一功能的完善。

　　大多数学者认为：出现黄体功能不全的原因可能与垂体分泌的黄体生成素有关（LH）、促卵泡成熟素（FSH）也是其原因之一、垂体分泌的催乳素（PRL）过多、过少、卵泡本身不成熟，对促性腺激素不敏感等等，都有可能会导致孕酮过低，黄体本身合成孕激素不足或者与雌激素之间的比例不协调也会导致孕酮过低。