尿道下裂的病因还并没有完全阐释清楚。那么在对于有尿道下裂家族病史的人群，通过基因筛查发现它是有明显的一个基因倾向突变的这样一个疾病。

　　当然也有一些散发型的，比如说在孕期，如果妈妈不当的使用过一些激素类的药物，尤其是雌激素类的药物，这个也是可以明显增加尿道下裂的发生率。

　　那么目前的这些因素是能够从机制上去发现的一些因素，当然还有很多未知的因素仍然在探讨之中。