小儿干燥综合征的病因，首先是遗传因素，本病具有家族聚集的倾向，发现人类白细胞抗原基因的频率，HLA-DR3、HLA-B8与干燥综合征相关。

　　其次是病毒感染，EB病毒是一种常见的感染人类的疱疹病毒，也可影响唾液腺。感染后，藏在唾液腺的一个潜伏部位，进一步刺激多克隆产生和自身抗体产生类风湿因子。在干燥症患者的唾液腺、泪腺中可以查到EB病毒早期抗原和DNA。

　　此外，免疫学异常干燥症患者血中的T、B淋巴细胞明显分化、成熟和功能异常。