婴儿肉毒中毒综合征一般无并发症，特别是低氧血症引起的并发症的婴儿肉毒中毒症可完全恢复。美国住院的婴儿型患者病死率小于1%。食物型和创伤型的病死率随着年龄不同而不同，年龄越小者预后越好。据报吿有些成人患者可以并发慢性衰弱和疲劳症等。