婴儿肉毒中毒综合征一般潜伏期较长，12到48小时，甚至几天后发作，多无发热，恶心呕吐等胃肠道症状较少。但神经系统症状明显，表现为意识很清楚，但头痛、头晕、眼睑下垂、复视、斜视、瞳孔散大、失音、咽下困难、呼吸困难等，部分病例会因呼吸麻痹而死亡。