如果没有并发症，特别是低氧血症引起的并发症的婴儿肉毒中毒症者可完全恢复，当神经末梢再生形成新的运动终板时，神经肌肉传递可以恢复。食物型和创伤型的病死率随着年龄而异，年龄小者预后最好。

　　婴儿肉毒中毒综合与肉毒杆菌和肉毒毒素有关，虽然在患病婴儿的血清中未能发现有肉毒杆菌的毒素，但是在患儿粪便中能发现有肉毒杆菌毒素或分离出肉毒杆菌，很可能是婴儿摄入了广泛存在的肉毒杆菌孢子而致病。