本病的预后与发病的年龄、免疫状态以及有无并发症有关。婴儿，尤其是小于3个月以内的婴儿病情比较重，常可危及生命，病死率可高达40%。并发百日咳脑病及支气管肺炎者预后较差。近年来由于诊断及治疗的改善，我国百日咳病死率已下降至0.5%左右。