真性红细胞增多症的病因和发病机制都不是十分清楚和明确，目前认为它是一种获得性的克隆性原发性红细胞增生紊乱。起因于骨髓造血干细胞的基因突变，导致功能正常的红细胞生成过多，同时可伴有程度不一的粒细胞、单核细胞、巨核细胞、血小板过度增生。

　　绝大部分患者有JAK2/V617或等位基因的基因突变。而导致基因突变的原因可能是经历不明原因的外来刺激，包括化学毒物的刺激或电离辐射，也有可能是患者本身的基因突变。