克罗恩病的并发症中肠梗阻最常见，其次是腹腔内脓肿，主要原因为肠壁溃疡穿透浆膜形成窦道，从而形成腹腔内脓肿，引起腹痛加剧，高热和触及压痛包块，窦道向后进入腹膜后形成的脓肿压迫右侧输尿管，可引起非结石性输尿管积水和肾盂积水，腰肌脓肿可引起臀部、大腿或膝关节疼痛，伴有跛行。

　　窦道穿入邻近肠袢，可形成肠肠瘘管，结肠瘘管还可穿入邻近的盆腔器官，常见膀胱，阴道少见。肠膀胱瘘典型表现是排尿困难或反复膀胱感染，可排出气尿或粪尿。

　　肠阴道瘘管表现为性交困难或臭味，常有疼痛性阴道排泄物。瘘管还可穿透到皮肤表面，间断排出脓液或黏液。偶可并发急性穿孔或大量便血。直肠或结肠黏膜受累者可发生癌变。