外科治疗的目的是重建具有正常控制功能的排便肛门，方法和时间的选择，根据各种不同的类型和合并瘘管的情况而定。

　　低位畸形的治疗，如肛门皮肤瘘无狭窄，排便功能无障碍者，不需治疗。

　　肛门或直肠下端轻度狭窄，一般采用扩张术多能恢复正常功能。

　　对于肛门皮肤瘘者，仅作简单的“后切”手术。

　　膜性肛门在新生儿期施行会阴肛门成形术。

　　肛门前庭瘘如瘘孔较大，在一段时间内尚能维持正常排便，可于6个月以后施行手术。

　　泄殖腔畸形的治疗，因一穴肛畸形复杂、新生儿期先作暂时性结肠造瘘，6月～1岁时行根治术。