肛门尖锐湿疣的治疗大致如下：对巨大尖锐湿疣，可用手术切除。对较小可见的尖锐湿疣，可用CO2激光烧灼，或用外涂药，使之脱落。也可采用高频电针或电刀切除湿疣。方法：局部麻醉，然后电灼，本疗法适应数量少，面积小的湿疣。

　　微波治疗：利多卡因局麻，将杆状辐射探头尖端插入，直达疣体基底。当看到疣体变小、颜色变暗、由软变硬时，则热辐射凝固完成，即可抽出探头，凝固的病灶可以用镊子挟除。为防止复发，可对残存的基底部重复凝固一次。但这些方法多数对极小或尚未从皮肤长出的尖锐湿疣，没有很好的疗效，给根治带来很多困难。

　　因此，对此类尖锐湿疣，以内外结合治疗为主，可取得良好的效果。主要用清热除湿，脱敏止痒的中药口服，再加三甲、藏红花等中药泡洗。