胰腺囊肿的发病原因因胰腺囊肿的病理类型而不同。胰腺囊肿临床上将其分为肿瘤性和非肿瘤性两类，肿瘤性主要包括胰腺囊性肿瘤，具体发病原因不详。

　　非肿瘤性胰腺囊肿主要包括胰腺假性囊肿、先天性真性囊肿和潴留性囊肿。先天性真性胰腺囊肿具体发病原因不详；潴留性囊肿多由于胰管的阻塞，导致远侧胰管或腺泡发生囊性扩张和胰液潴留而形成；胰腺假性囊肿是继发于急性、慢性胰腺炎或胰腺损伤后的并发症。