脑囊虫需要使用的药物主要是各种驱虫的药物，比较常见的有吡喹酮以及阿苯达唑。吡喹酮是目前首选的药物，但是吡喹酮由于难以透过血脑屏障而进入脑脊液，因此主要适用于脑实质型囊虫的治疗。如果囊虫死亡过快，可能导致严重的颅内压力的增高或者精神障碍，因此目前主要使用小剂量长疗程的方法。

　　阿苯达唑也就是我们通常所说的肠虫清，是广谱的驱虫药物。阿苯达唑比较容易透过血脑屏障，因此可以用于脑实质型以及蛛网膜下腔和脑室的囊虫病。此外脑囊虫病的患者还需要使用各种对症的治疗用药，比如患者如果出现了颅内压力的升高，需要使用脱水降颅压的药物，比如甘露醇以及速尿。如果患者出现了癫痫发作，需要使用各种控制癫痫的药物。比如比较常见的有丙戊酸钠、左乙拉西坦等等。