目前推荐的药物治疗方案为PPI加上铋剂，和两种抗生素组成的四连疗法。幽门螺杆菌的根除治疗成功的关键，是质子泵抑制剂的抑酸作用与抗生素的杀菌作用。口服抗生素以及联用质子泵抑制剂，提高了胃内的ph值，改变了胃内酸性环境。

　　幽门螺旋杆菌的根除治疗是否会导致胃肠道微生态的失衡，并带来失衡的相关后果。国内外多项研究显示，长时间使用PPI会导致结肠菌群结构的变化，主要表现为梭菌属减少，肠球菌属与链球菌会增加，是促进艰难梭菌感染和复发的重要危险因素。

　　另外阿莫西林、克拉霉素、甲硝唑等常规方案中，至少是两种抗生素的连用。抗生素的广泛应用使肠道中抗菌药物敏感菌株逐步减少，耐药菌株逐步增加。耐药菌大量的繁殖，也会导致各种细菌数量和比例发生失衡。