脑干损伤后遗症的治疗需要根据患者出现后遗症的类型而定。如果患者属于脑干弥漫性损伤所导致的昏迷不醒，尤其是长时间的牵延性昏迷，甚至是植物人，在治疗上要积极的进行高压氧康复治疗。

　　如果患者脑干损伤后发生了颅神经的损伤，例如面神经麻痹、动眼神经损伤等，在进行高压氧康复治疗的同时，还要给予患者营养神经以及针灸康复的治疗。

　　如果患者的脑干下方出现损伤，从而导致出现了延髓麻痹、球麻痹等后组颅神经损伤的症状，同样需要高压氧治疗，并且进行营养神经和康复训练的治疗。